首先,报考的条件不一样。企业管理硕士只要符合国家统一的报考规定即可,也就是说,应届生与在职人员均可报考.报考MBA必须是大学本科毕业后有3年或3年以上工作经验的人员；大专毕业后有5年或5年以上工作经验的人员；已获硕士学位或博士学位并有2年或2年以上工作经验的人员(指毕业日到入学日); 其次,考试科目不一样。企业管理硕士一般需要参加全国研究生入学考试第一外语和政治(文理依学校不同),同时参加全国统考的数学(三)考试,另外两门专业课的科目及考试内容由报考所在院校决定,由该院校出题；MBA入学考试要参加全国试点54所院校的联考(有关部门今年将对试点的院校进行评估后将“试点”摘掉),联考科目是数学、英语、管理、语文与逻辑，另外，政治作为考察科目由报考单位单独命题，不记入总分，但是有相应的政治单科分数线； 第三，试题难度不同。一般来说，报考企业管理硕士参加的全国统一入学考试英语、数学的难度要高于MBA，但由于近年来国内MBA报考人数直线上升，竞争也相应越来越激烈。 第四，招收规模与培养方式不同。全国各大院校MBA招生人数一般以百为单位，比如今年南开大学招生名额为120人，人民大学招收280人，北京大学240人，清华大学招收400人，企业管理硕士生一个班在现在扩招后也是几十人左右；企业管理硕士生一般为国家培养，每个月有200元以上的补助，也有委托培养和自筹经费培养的学生，MBA一律为自筹经费或者单位委培.
同时，企业管理学制一般为3年，MBA脱产学习学制为两年半，MBA很大部分为不脱产上学的，所以一些学校招收MBA时不提供住宿，限制外地考生报考。 第五，培养目标不同。MBA的培养目标是优秀的企业家和实践工作人员，如清华大学伟伦经济管理学院MBA毕业生应当能够胜任工商企业和经济管理部门中、高级职务的工作，是能够适应未来社会激烈竞争的复合型人才。北大光华管理学院MBA项目面向跨国公司，大型国有企业，大型民营企业和大型金融机构。光华管理学院致力于帮助跨国公司管理队伍本地化，民族企业管理国际化，民营企业管理现代化。所以MBA课程注重实用性。企业管理硕士既要培养企业的实际管理人员，同时注重对学员管理科学理论的教育，为学科的发展培养接班人。 一般情况下，企业管理硕士毕业生理论功底扎实，MBA学员因为其入学前已经有相当的实践经验，同时学习过程中也注重与实践的结合，能很快适应企业的实际工作。