加快建设中国特色现代大学制度，形成中国特色现代大学治理体系，这是推进我国大学内涵式发展的基本思路。不过，也有人对此持有疑义。一些人在回答“钱学森之问”时，把我们的大学培养不出大量杰出人才的症结归结为大学治理的“中国特色”，认为只有向西方大学治理体系看齐，或者向我国民国时期的大学治理体系看齐，才能建成一流大学。这是有失偏颇的。
从一般意义上讲，完善大学治理的实质在于积极推进政府职能转变，构建政府、大学、社会之间的新型关系，形成政府宏观管理、大学自主办学、社会广泛参与的格局，更好地激发大学办学活力，进而健全并完善现代大学制度和治理体系。在大学治理中，的确有普遍性和共通性问题。大学之所以各国都要办，正是因为它具有全球共通的职能与使命：传承文化、追求真理、创新知识、培养人才。大学诞生至今，其发展虽历经坎坷、跌宕起伏，但这些职能和使命一直没有变化。这决定了大学在治理体系上具有共通性。我们对此并不否认。
同时，还应看到大学的历史性和地域性问题。世界大学发展的历史经验表明，任何一所大学的改革与发展都不能脱离当时当地经济、政治、文化等因素的制约。尽管所有大学都是从事教学、研究和社会服务活动的，但不同时期、不同地域大学从事这些活动的内涵和任务会发生变化，大学需要通过改变自身的形式、结构与职能来适应当时当地的环境，既保持稳定，又保持活力。进一步说，大学治理体系背后总是隐藏着一个国家和民族经济、政治、文化等方面的要求，深深地嵌套于现代民族国家的治理框架之中。这是大学治理的深层次内在因素。从我国的情况看，现代大学制度建设与现代国家建构具有很强的同步性。近百年来，我国的大学一直承载着为实现赶超型发展培养杰出人才的使命，这种同步性、这种使命为我国大学的改革与发展提供了充足的动力和依据。没有这种充足的动力和依据，我国的大学不会实现这么快的发展。
完善大学治理体系，既要遵循大学发展的一般规律和一般模式，又要适应不同国家和民族的独特经济、政治、文化等环境，即大学治理体系既要呈现共性又要反映差异，反映不同政体和国体的组织状况，培养不同国家和民族发展所需的杰出人才。这就是建设中国特色现代大学制度和治理体系的学理基础。现代大学虽然起源于西方，但已成为世界文明的共同财富。我国在学习借鉴西方现代大学治理经验的基础上，亟须步入大学治理的“中国时代”，彰显“中国特色”。
今天，我国大学确实还存在各种问题，一些大学过于看重经济利益，学术被有意无意淡化，甚至学术价值被边缘化，培养人才的现状与社会的期望也有很大距离。但是，不能把所有问题都归咎于治理体系上的“中国特色”。完善我国大学治理体系，离不开对世界大学发展走向的敏锐捕捉，更离不开对我国大学问题的理性分析、对我国历史传统和当下经济社会发展现实的多重认知，决不能以偏概全、妄下论断。在现阶段，过高地估计或热衷于模仿、移植西方发达国家大学治理体系，或简单称道我国近代特别是民国时期的大学制度与生态，并将其作为解决当前我国大学问题的一剂万能灵药，显然并不可取。