灭国模式可以说是颠覆所有国战玩法的一个重大创新，在以往的传统国战当中，两个国家之间无论发生多少次激烈的战争，都不会对游戏内的“国家政权”产生太多的影响。而《御龙在天》全新的灭国之战模式开启后，将彻底打破这一格局，灭国成功不但将摧毁对方现有的“国家政权“，还将更改对方首都的”领土所有权“，把国战的残酷与激烈，推上游戏史上前所未有的新高度。
从地图上抹去对手国号、剥夺敌国王位、占领对方首都王城作为殖民地、流放敌国国民到他乡异地……相信随着《御龙在天》灭国之战这一创新玩法的正式上线，将让国战玩法焕发更旺盛的生命力，成为中国玩家最热爱的PVP玩法。
开启灭国之战模式后，将可以对一个国家发起灭国战，如果进攻成功，则会灭掉该国，占领其王城作为殖民地，使其被迫迁徙。
想要发起灭国战，要求自己的国家拥有3个鼎;而可以被发起灭国战的目标国家，则要求该国家失去所有九州鼎，且该状态持续了3天。
发起了灭国战之后，会给战斗双方国民发送预告。灭国战时防守方的镇关守将、金甲将军、内城圣兽、国战神兽都会获得加强，防守方的玩家也会获得能力增强。灭国战的流程和国战一样，只是如果进攻方成功击破国战神兽后，必须运送国器的马车能安全离开对方王城(与运送九鼎马车的流程一致)，如果进攻方成功将国器马车运送到阳平关入口，则灭国成功，否则灭国失败。
灭国成功后，消灭他国的国家和被灭的国家，在镖局收益、官员权益、国民权益、国土领地、日常任务，甚至国号等方面都会鲜明的变化和对比。此外，被灭国的传国玉玺会碎裂成3块，玉玺龙头部分被战胜国抢走，其他2块碎片不知所踪，拼凑齐玉玺方可有机会重新复国。
